Кафедра политической экономии была создана в Среднеазиатском государственном университете в 1944 году. С 1944 по 1949 год её возглавлял доктор экономических наук, профессор Аминов Олим Муминович, с 1949 по 1959 год — доцент Столяров Д.Д., с 1959 по 1963 год — доцент Тарасюк И.А. В 1964 году кафедра была разделена на: кафедру политической экономии гуманитарных факультетов и кафедру политической экономии естественных факультетов.
В 1968 году в составе исторического факультета была создана кафедра политической экономии (позже — кафедра экономической теории). Её возглавляли профессор, доктор экономических наук Ибрагимов Алихон Ибрагимович (1968–1974 гг.) и доцент Касимов Наримон Азизович (1975 г.). В 1975 году эта кафедра была объединена с кафедрой политической экономии гуманитарного факультета. С 1975 по 1988 год её возглавлял доктор политических наук, профессор Наточиев Федор Степанович.
В 1979 году был создан философско-экономический факультет, в составе которого образовалась отдельная кафедра политической экономии под руководством профессора Мухтора Расуловича Расулова (1979 — 1990 гг.).
В 1991 году на экономическом факультете начала функционировать кафедра экономической теории. Её заведующими в разное время были: профессор Зайнутдинов Сайфутдин Мухиддинович, профессор Абдуганиев Абдувохид Абдуганиевич (1991 — 1996 гг.), профессор Пазлиддин Зухурович Хашимов (1997 — 2002 гг.), доцент Толаметова Зилола Абдуджаббаровна (2003 г.), доцент Хамраев Одил Хамзаевич (2004 г.), доцент Каримов Рахмонкул Каримович (2005 г.), доцент Умаров Камол Юсупович (2005 — 2012 гг.), профессор Шодмонов Эркин Шеркулович (2013 — 2015 гг.) и профессор Муминов Нозим Гаффарович (2015-2022 гг.). С 2023 года кафедрой руководит профессор Мамбетжанов Кахрамон Курбандурдиевич.
С момента создания кафедра экономической теории занимается подготовкой преподавателей экономических наук для высших учебных заведений страны, а также высококвалифицированных специалистов для различных сфер и отраслей экономики. Кафедра готовит бакалавров по направлению 60410100 — «Экономика (по отраслям и сферам)» и магистров по специальности 70410102 — «Экономика (по отраслям и сферам)».
        Профессора, докторанты, исследователи, магистранты и талантливые студенты кафедры проводят научные исследования на основе фундаментальных и прикладных грантов Агентства инновационного развития Республики Узбекистан.